La microbiologie environnementale est l'étude et de l'analyse de la diversité et de la fonction des micro-organismes dans leurs environnements naturels et artificiels.

En outre, l'objectif principal de cette science est axé sur l'analyse de l'écologie microbienne, c'est-à-dire sur les relations qui existent entre l'environnement, l'eau, l'air et le sol, et les micro-organismes qui y vivent, soit en tant que polluants, soit en tant que décontaminants de l'environnement.

De la même manière, au sein de la microbiologie environnementale, on trouve également l'écologie microbienne, la diversité microbienne, la géomicrobiologie et la biorémédiation, la rhizoremédiation et la biologie moléculaire des pseudomonades.