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La génétique microbienne est la branche de la génétique qui étudie la structure, la fonction et l'hérédité du matériel génétique des micro-organismes comme les bactéries, les archées, les champignons, les levures, et les virus. Elle se concentre sur l'analyse moléculaire de l'ADN, de l'ARN et des plasmides présents dans ces organismes afin de comprendre les mécanismes d'évolution génétique, les processus d'échange génétique (tels que la transformation, la conjugaison et la transduction chez les bactéries) ainsi que les mutations.